Důl Jakub založila v tehdejší Polské Ostravě – Zárubku v roce 1868 Severní dráha Ferdinandova a název dostal podle drážního generálního sekretáře Jakoba Jakobiho.
Ve stejném roce se začaly současně hloubit obě jámy – těžní a výdušná. Hloubící práce ale ztěžovaly velké přítoky důlních vod, které byly odváděny na vodní jámu blízkého Dolu Hermenegild, která byla společnou vodní jámou ve středu zárubecké kotliny.
V roce 1884 měla těžní jáma Dolu Jakub hloubku 168,9 metru a výdušná 102,4 metru.
Pravidelná těžba začala v roce 1872, kdy těžní jáma již měla hloubku 307 metrů.
Byly dobývány spodní jaklovecké sloje až po nejspodnější sloj Adolf. Sloje měly mocnost 40 až 120 centimetrů a uhlí bylo vhodné pro výrobu koksu i na otop. Pro třídění uhlí byla postavena u jámy třídírna, a to dokonce už s elektrickým osvětlením. Původní těžní věž z roku 1871 byla dřevěná a měla výšku 18,6 metru. Těžba přímo na Dole Jakub však netrvala příliš dlouho, protože v roce 1914 zde bylo dobývání uhlí zcela zastaveno a převedeno na Důl Hermenegild.
V rámci ukončení rekonstrukce byl Důl Hermenegild přejmenován na dnes známý Důl Zárubek. Na rekonstruované bývalé těžní jámě Dolu Jakub byl ještě v roce 1914 postaven nový ventilátor soustavy Dinnendahl s motorem vídeňské firmy Brown-Boveri.
Obě jámy se postupně prohlubovaly a konečná hloubka výdušné jámy byla 292,8 m a bývalé těžní jámy 643,6 m.
Těžní jáma Dolu Jakub byla rekonstruována a spolu se sousední větrní jámou sloužily pro větrání Dolu Zárubek až do velkého požáru v roce 1990. Pro zlepšení větrání na Zárubku byly ještě v roce 1965 instalovány na bývalé těžní jámě dva axiální ventilátory. V souvislosti s neočekávaným ukončením těžby na Dole Zárubek 15. dubna 1990 v důsledku požáru, který se nepodařilo zlikvidovat, byl důl definitivně uzavřen. Současně byly likvidovány obě výdušné jámy Dolu Jakub a následně v roce 1992 zasypány. U každé zasypané jámy zůstal komínek, kterým se pravidelně odebírají vzorky plynů.
Pro zaměstnance Dolu Jakub byla postavena kolem roku 1860 dělnická kolonie „U jámy Jakub”, která měla padesát domů.
Rozprostírala se od Dolu Zárubek po Šenovskou ulici a měla také zvláštní vodovod pro přívod užitkové vody na zahrádky. Pro odpadní a dešťové vody byla dokonce přes kolonii natažena zvláštní kanalizace. Od roku 1928 byly jednotlivé domy postupně rekonstruovány.
