Nový důl založil v roce 1852 na katastru Polské Ostravy (později Slezská Ostrava) v osadě Hranečník hrabě Johann Maria Wilczek. Podobně jako tomu bylo u mnoha jiných nových jam, důl dostal jméno po svém zakladateli.
Hornická činnost před založením Dolu Jan Maria začala v jeho obvodu již v roce 1844. Výsledky několikaletého kutání vedly k založení Dolu Jan Maria. Těžba byla zahájena v roce 1855.
První rekonstrukce a modernizace dolu proběhla v letech 1873-1878, kdy byl do provozu uveden nový dvouválcový parní těžní stroj o výkonu 100 ks. Tento unikátní těžní stroj vyrobily Salmovy knížecí železárny v Blansku. V roce 1884 byla těžní jáma Jan Maria hluboká 177,2 metrů. Další velká rekonstrukce a modernizace se uskutečnily v letech 1899-1909.
Těžní jáma byla rozšířena na větší profil a po celé délce vyzděna. V roce 1904 byla postavena nad těžní jámou ocelová těžní věž vysoká 32 metrů, kterou zhotovily a dodaly Vítkovické železárny. O čtyři roky později byl uveden do provozu dvojčitý parní těžní stroj o výkonu 800 ks. Rekonstruována byla i kotelna a postaven komín o výšce 50 metrů. Kotelna měla dostatečnou kapacitu na to, aby zásobovala parou vzdálený areál výdušné jámy.
Přestavba a modernizace dolu probíhaly i během 1. světové války. V letech 1914-1915 byla postavena nová správní a provozní budova, kde byla umístěna lampovna, sklad, závodní záchranná stanice a kanceláře pro úředníky a dozorce. O rok později byla přestavěna i výdušná jáma.
Těžní jáma dosáhla konečné hloubky 453 metrů v roce 1928 a větrní jáma měla konečnou hloubku 198 metrů.
Po skončení 2. světové války byl Důl Jan-Maria znárodněn a od 1. ledna 1946 začleněn do národního podniku Ostravsko-karvinské doly jako důlní závod. V důsledku racionalizačního procesu v Ostravsko-karvinském revíru byl k 1. lednu 1954 organizačně připojen k Dolu Zárubek.
Zaměstnanci Dolu Jan-Maria bydleli převážně v hornické kolonii Hranečník, která byla postavena v letech 1884-1926 a původně měla 39 domů. Po vyrubání vytěžitelných uhelných zásob byl provoz dolu v roce 1963 zastaven. Ještě v tomto roce byla zasypána těžní jáma, obě výdušné jámy čekal stejný osud o rok později.
Areál Dolu Jan-Maria je památkově chráněn. Zachovaly se pouze správní a jámová budova, které byly postaveny z charakteristického červeného zdiva s ozdobnými štíty.
