Již v roce 1952 dochází k mechanizaci nakládání rubaniny na průzkumných předcích. Místo krací a trok se postupně na všech předcích začala rubanina nakládat důlním nakladačem NL-12-V a ruční dopravu vozíků od čelby k nárazišti nahradily akumulátorové důlní lokomotivy ALD-2, nazývané také Vlasta. Na dobývkách zastaralé vrtačky EDK-60 byly postupně nahrazovány vrtačkami řady VK-21 a VK-24. Dobývací metody také doznaly podstatné změny. Ruční odvážení rudniny kolečkem do sýpu bylo nahrazeno škrabákovými vrátky a v blocích, kde byla soudržná hornina, se úplně uplatnila nová dobývací metoda na skládku.
V šedesátých letech začal také energický boj proti prašnosti, neboť právě bohutínský diorit působil na plíce bohutínských havířů přímo zhoubně. Veškeré vrtání jak na dobývkách, tak i na sledných chodbách, bylo prováděno s vodním výplachem a zavedlo se především umělé větrání celého dolu. Systém umělého větrání, uvedeného do chodu v roce 1965, byl diagonální, s jedním ventilátorem tlačným, který je hlavním ventilátorem celého dolu, a s několika pomocnými ventilátory na výdušné straně – jak u dolu Štěpánka, tak na dole Řimbaba. Toto větrání bylo nepřetržitě v chodu až do havárie dolu Štěpánka v červnu 1971.
Hlavní ventilátor byl zabudován na větracím komíně u jámy 25. únor (FO4 – 13,5 m3/s). Pomocné ventilátory na výdušné straně u jámy Štěpánka byly typu DLN-1000 (4,5 m3/s) na 17., 19. a 24. patře, u jámy Řimbaba byl také ventilátor DLN-1000 umístěný na 7. patře této jámy.
Po havárii jámy Štěpánka již nebyla obnovena funkce větrání touto jamou, neboť několika závaly zde došlo ke stagnaci větrného proudu. Zůstaly ještě nevytěžené dva velmi dobré bloky na jihu Klementské žíly na 24. patře. Proto po havárii se stal jediným výdušným dolem důl Řimbaba a důlní pole bylo rozděleno na dva větrní úseky.
První větrní úsek ovětrával Klementskou žílu mezi 24. a 19. patrem. Čerstvé větry byly přiváděny po 24. patře dolu 25. únor a výduchy byly odváděny přes 23. a 22. patro na 21. patro do oblasti k slepé jámě Řimbaba, od té komíny k jámě Řimbaba a tou pak na povrch. Druhý větrní úsek ovětrával pracoviště Severozápadní Řimbabské žíly od 21. patra na 26. patro, z něhož výdušné větry proudily komíny na 21. patro, kde se spojily s výdušným proudem z Klementské žíly a společně s ním stoupaly jamou Řimbaba na den. Všechny dobývky byly ovětrány průchozím větrním proudem. Pouze čelby průzkumných děl byly ovětrávány separátně lutnovými tahy s elektrickými ventilátory LU-440-E a LU-500-E.
Na ohlubní jámy Řimbaba byly pak zabudovány dva výkonné elektrické ventilátory typu LU-630-E/II, které v případě jakékoliv havarijní situace ve větrání na dole 25. únor mohly být reverzovány, to znamená, že chod ventilátorů mohl být opačný a dolem Řimbaba do oblasti řimbabských žil a pracovišť na Klementské žíle do 24. patra mohl proudit čerstvý vzduch.
V šedesátých letech došlo postupně k vydobytí nejbohatších bloků bohutínského ložiska a stejně jako na Březových Horách i bohutínský důl začal dobývat chudší rudy Klementské žíly. Jejich dobývání však podstatně omezilo vládní usnesení z roku 1965, které stanovilo limitní náklady na výrobu jednotlivých koncentrátů kovu. Tyto limitní náklady byly stanoveny podle progresívních světových cen, a proto i na bohutínském dole došlo k podstatné redukci uvažovaných rudných zásob k vytěžení. Navíc tuto nepříznivou situaci zkomplikovaly dvě velké provozní havárie na začátku sedmdesátých let.
V listopadu 1970 došlo ve večerních hodinách ke zhoubnému požáru poháněcí stanice lanovky na Březových Horách a tím i k vyřazení lanovky z provozu. Pro nákladnou opravu i pro nedostatek náhradních dopravních nádob a i s přihlédnutím k nedostatečnému výkonu lanovky nebyla již poháněcí stanice lanovky obnovována a rudnina z bohutínského dolu byla odvážena nákladními auty na březohorskou úpravnu.
Ještě větší pohromou byla havárie v jámovém stvolu dolu Štěpánka. K té došlo v ranních hodinách (5 hodin 45 minut) dne 10. června 1971. Seismické stanice na Březových Horách i na zdejších Uranových dolech v tu dobu zaznamenaly horský otřes. Jednalo se o zvláštní druh havárie (došlo ke zřícení dřevěných věnců a průvodnic od 2. na 17. patro), kterou se dlouhou dobu zabývala řada odborných pracovníků. Hlavní příčinou byl horský otřes a podle B. Černíka mohlo s největší pravděpodobností při otřesu dojít k prolomení dobývek Klementské žíly mezi 8. a 9. patrem, v místech, kde dobývky této žíly procházejí jámovým stvolem. V těchto místech neměly být dobývky zasazeny a jáma od dobývek byla oddělena jen betonovými deskami. Protože rok 1971 byl mimořádně bohatý na srážky, mohla se za betonovými deskami nahromadit voda s drobným materiálem a ta po uvolnění desek horským otřesem v několika vteřinách značnou kinetickou energií zničila jámovou výztuž i výstroj. Tento názor podporuje i značné množství drobného materiálu, nahromaděného na 11. patře dolu Štěpánka. Havárie výztuže i výstroje vyřadila jámu z provozu. Tím také došlo k havárii výtlačných řádů v této jámě a k přerušení čerpání důlních vod z celého bohutínského dolu, neboť ten měl vybudované hlavní čerpací stanice a výtlačné řády u dolu Štěpánka.
Změna v čerpacím systému musela nastat okamžitě, aby nedošlo k zatopení dolu 25. únor. Malé přítoky vod na úrovni 33. patra byly shromažďovány do jímky o obsahu 20 kubíků na tomto patře a do jímky byly také čerpány vody z volné hloubky hlavní těžní jámy a voda od ohlubně slepé jámy Eduard. Voda z této jímky byla postupně přečerpávána na 31., 26. a 22. patro. Z 22. patra od jámy 25. únor byla voda čerpána k vybudované čerpací stanici na 17. patře na dole Štěpánka potrubím o průměru 100 mm, kde byla jímána do jímky o obsahu 300 kubíků. Ze 17. patra byla voda dvěma čerpadly čerpána zpět k dolu 25. únor a pak k 9. patru, kde se pro havarijní účely zřídila vodní jímka o obsahu 50 kubíků. Z 9. patra se potom voda čerpala na povrch pod odval, kde potom voda vytékala do rybníku Pecovák. Toto havarijní opatření podstatně snížilo přítoky vody na Dědičné štole u Bohutína a snížila se dodávka pitné vody do sítě příbramského řádu. Proto začátkem roku 1973 se po druhém patře od dolu 25. únor ke Štěpánce na počvu chodby položilo potrubí 150 mm a vody čerpané z 9. patra byly tímto potrubím dopravovány na Dědičnou stolu u dolu Štěpánka. Tento čerpací systém od 26. patra byl v této podobě v činnosti až do konečné likvidace bohutínských dolů.
