Dvojnásobný počet osob, zaměstnaných při odvodňování štol, ukazuje, jak obrovského úsilí bylo třeba při řešení otázky spodních vod, zaplavujících horní díla. Užívalo se k tomu jednak odvodňovacích štol, jednak odčerpání vody pomocí vodních děl zvaných kumšty. Roku 1517 získal právo stavět takové kumšty na biskupských dolech krakovský měšťan Kašpar Ber. Koncem století se pokusil odvodnit štolu sv. Tří králů vodním kumštem Sas Viktor Lindemann z Míšně. Šlo o vodní kolo o průměru 32 loktů (asi 6 metrů), ale Lindemann neodborným postupem štolu zatopil a ta se stala od r. 1598 nepřístupnou. Patrně v tutéž dobu došlo k důlnímu neštěstí, protože se náhle objevuje v seznamech měšťanů 19 hornických vdov.
Roku 1603 provedl slezský královský purkmistr prohlídku dolů a zjistil jejich neutěšený stav, zlou hospodářskou situaci mezi horníky a nezájem o důlní podnikání. Postavení horníků bylo přes mnohé svobody nezáviděníhodné. Týdně dostávali 12-18 grošů, ale kverkové je mohli kdykoliv propustit. Pracovalo se přes celý týden na tři směny po osmi hodinách. Před počátkem směny se ozval v městě zvon. Havíři, bydlící většinou v obou Údolích a Heřmanovicích, se od polovice 16. století sdružovali ve svépomocné spolky pro případ nemoci nebo úmrtí.
Stíny nerentabilního důlního provozu a s ním související hornické bídy rychle zaplašil lesk dvou valounů ryzího zlata, z nichž prvý, nalezený r. 1590 vážil dvě a půl libry (1385 gramů), druhý z r. 1591 dokonce 3 libry a 11 lotů (1780 gramů). Oba vzácné kusy získal pro svou sbírku nerostů císař Rudolf II., po jehož smrti zmizely neznámo kam. Tento ohromující nález na čas pozvedl naděje na podobnou kořist, než šlo jen o unikáty, po nichž zbyly městu jen dva obrázky valounů na pergamenu, uchovávané dlouho na zlatohorské radnici.
Hornický ruch se na krátkou dobu přestěhoval i do Heřmanovic, kde se našla železná ruda a kde jako první známý výrobce železa pracoval jako vlastník hamru od roku 1552 vratislavký měšťan Hans Karlin. Kolem hamru vznikla osada Forwitz (původně Vrbice), v jejíž blízkosti postavil Karlin r. 1559 nový hamr, protože se výroba železa vyplácela. Hamry se tu udržely do počátku 17. století, ale r. 1653 už byl v obci zapsán pouze jeden horník.
Třicetiletá válka, která pustošivě zasáhla i na Jesenicko, měla neblahý vliv i na dolování. Měšťané ve Zlatých Horách se raději věnovali daleko jistějšímu a dobře prosperujícímu plátenictví, kdežto hornickou práci přenechali obyvatelům chudých vesnic v okolí, především Hornímu a Dolnímu Údolí. Doly měli v nájmu kníže z Břehu a jeho příbuzný kníže z Anhaltu, kteří se přestali honit za zlatem a zpracovávali snadněji dobývané pyrity na vitriol. Podle zprávy z roku 1620 zaplatil jeden obchodník z Břehu za 16 beček vitriolu 62 tolarů a 19 grošů, takže soudobý odhad, podle něhož vynášely doly ročně 3000 tolarů, nebyl nijak přehnaný.
Procedura výroby nebyla nijak snadná, protože bylo nutno nejdříve kyzy pražit, pak vyluhovat vodou a zahušťovat v olověných pánvích. Nebylo divu, že biskupská administrace nevraživě sledovala finanční úspěch obou knížat a nakonec jim těžbu pyritů krátkozrace zapověděla.
Patrně tento úspěch přiměl město, aby se uprostřed války a hrůz čarodějnických procesů, jež v něm tehdy vzněcovaly veřejné mínění, samo přihlásilo r. 1638 za nájemce dolů. Moudří měšťané si dobře vypočítali, že placením tzv. cubusů za 334 kuksů v dolech získají daleko více, než odváděním daní a válečných, kontribucí, od nichž byli jako činné báňské město osvobození. Hlásili se jim vždy noví odborníci, kteří zaručovali jistý úspěch, ale nakonec se z nich vyklubali šarlatáni, hledící na snadný zisk.
K mincovním městům se přiřadily i Zlaté Hory, kde mezi důlními budovami stála i skromná mincovna. Nepořádky, které se v dolování zahnízdily, přiměly biskupa Karla Ferdinanda (1625-1655), sídlícího trvale ve Varšavě, aby dal r. 1653 provést důkladnou revizi horních děl. Přes všechna šetření a podporu 2 000 tolarů se stav dolů nezlepšil. Mincovna neměla dostatek surovin k ražbě mincí a byla r. 1656 zrušena a převezena do Nisy.
Příklad Zlatých Hor, jež se předstíranou těžbou zbavily obecných finančních břemen, měl odezvu i v Jeseníku, který převzal v zlatohorských dolech 54 kuksů a platil až 1 083 tolarů na cubusech. Ale ani tato pomoc nepozvedla doly z finančních ztrát. Za léta 1653-1686 se vytěžilo 70 kg zlata a 13 kg stříbra za náklady 100 tisíc tolarů a prodělek 43 tisíc tolarů. Město přijímalo tento vývoj lhostejně, protože bohatlo výrobou plátna, zato však Jeseník toužil se zbavit „zlatohorského jha”, jež je tížilo libovolně ukládanými cubusy. Poštěstilo se mu to r. 1688, a aby mu zůstal uchován statut horního města, začalo několik měšťanů kutat v Adolfovicích a na Rejvízu, patrně na železnou rudu. Přivolaný vratislavský báňský odborník Jan Jiří Titz jim sice přislíbil povznést těžbu s velkým ziskem, ale když prostavěl bez užitku 1500 tolarů, hledalo město zase spojení se Zlatými Horami, jimž přispívalo od r. 1716 na skomírající těžbu 200 tolary ročně, což bylo daleko méně než daně a kontribuce
Cubusy obou měst se scházely liknavě a tehdejší horní hejtman Jiří Hantke z Prudníku marně zapřísahal magistráty obou měst, aby řádné odváděly poplatky, protože není čím platit horníky, žijící v bídě beze mzdy i přes rok. Volal však marně k hluchým uším, až byl po šedesátiletém vedení dolů r. 1716 v nemilosti odvolán. Jeho nástupce Creuzenstein úpadek dolů nezastavil, protože mu podléhalo jen 10 horníků, špatně placených, jen aby města neztratila horní svobody.
V letech 1730-1740 se tu vytěžilo jen 10 kg zlata, tedy ročně jen 1 kg. Toho si všimly i státní úřady a r. 1744 zbavila Marie Terezie hornické vesnice kolem obou měst osvobození od daní. Města se nechtěla připojit k protestu postižených a r. 1752 přišla o statut báňských měst rovněž. Doly se jim staly jen mrtvou přítěží, jíž se ráda zbavila.
